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智能迷宮助力行為學研究

作者:張潔 編譯
來源:公眾號/生物360
日期:2018-03-14 09:34:29
摘要:自動化的“智能迷宮”解放了行為學研究者,讓他們不用再進行繁瑣的小鼠迷宮實驗。同時,智能迷宮還提高了數據質量和可重復性。

智能迷宮助力行為學研究

  自動化的“智能迷宮”解放了行為學研究者,讓他們不用再進行繁瑣的小鼠迷宮實驗。同時,智能迷宮還提高了數據質量和可重復性。

  在讀研究生時,行為神經科學家 Mark Brandon 經常耗費數小時展開小鼠 T 迷宮實驗。在該迷宮中,小鼠沿著一條線路行走,然后在路口處選擇左拐或右拐。該實驗非常有用,但也極度無聊。所以,當他拿到加拿大麥吉爾大學(McGill University)的教職時,Brandon 想要開發一項新技術,以擺脫這項乏味的實驗。

  他從馬薩諸塞州一家初創公司 MazeEngineers 處購買了一個自動化的 T 迷宮。該系統除了一個簡單的迷宮之外,還有一扇門,嚙齒動物經過時,這扇門會從底部升起來,防止動物倒退。同時,該迷宮還自帶視頻監控,以記錄動物的行為。一旦嚙齒動物完成一項任務,迷宮就會將動物引導回起點。Brandon 等人希望通過分析在這些測試中動物的哪些神經回路是活躍的,來揭示大腦如何將記憶與時間聯系起來。Brandon 表示,自動化的 T 迷宮非常有用。

  今天,這樣的自動化系統已經變得越來越普遍和復雜。美國國家糖尿病和消化和腎病研究所(US National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Diseases)的神經科學家 Alexxai Kravitz 指出,很多先進的技術,如觸摸屏和微控制器都開始進入行為研究實驗室了。但是盡管這種迷宮實現了自動化,但仍然需要人工來確保這些工具正常運行。

  研究人員利用迷宮測試動物的精神特征,如記憶力和注意力。在二十世紀的大部分時間里,科學家們利用迷宮實驗,讓嚙齒動物沿著精細的路徑,探索精神極限。 MazeEngineers 創始人 Shuhan He 表示,現在的設置相當簡單,這使得結果更易于被納入統計分析。對他來說,迷宮就是關于決策和結果——測試認知的關鍵方面。但是,由于研究人員越來越希望在每個實驗中增加實驗動物的數量,并盡可能多地收集行為數據,自動化已是大勢所趨。

  在 20 世紀 90 年代,科學家們首次使用視頻跟蹤來監測嚙齒動物的行為,這包括從用計算機識別動物重心,到識別簡單的行為,例如嚙齒動物尋找或避免特定的刺激。現在,只需追蹤頭部和身體的其它部位,軟件就可以識別出微小的行為,如嗅探、整理皮毛和排尿。后來追蹤果蠅和斑馬魚等動物的行為的儀器也相繼問世。

  伊利諾伊大學厄巴納 - 香檳分校(University of Illinois in Urbana–Champaign)的行為神經科學家 Justin Rhodes 支持,現在你可以開始一個程序,在迷宮中自動追蹤動物,并在動物完成任務后立即獲得數據,并進行分析。Rhodes 的研究方向是探討運動對大腦的影響。

  自動化模式還有望通過減少人類在實驗中的作用,來提高實驗結果的準確性和客觀性。它可提供標準化的設備和任務,以便研究人員直接比較他們的結果。

  MazeEngineers 的小鼠自動化 T 迷宮售價是 4900 美元起。事實上,提供自帶視頻的迷宮及相關軟件的公司日益增多,比如弗吉尼亞州的 Clever Sys、荷蘭的 Noldus 等公司。Rhodes 最青睞 Clever Sys 的 HomeCageScan 系統(四個迷宮大約 5.5 萬美元),因為該系統能夠追蹤多個動物。對此,他表示這很重要,畢竟有時候幾只小鼠會團在一起。俄亥俄州辛辛那提大學(University of Cincinnati in Ohio)的行為神經科學家 Evelin Cotella 則更喜歡 Noldus 的 EthoVision 軟件(軟件版費為 5850 美元),因為它對用戶更友好。

  但這并不意味著智能迷宮系統效果很好。Rhodes 指出,科學家通常不得不調整包括照明和視覺對比在內的各種參數,以使視頻跟蹤軟件發揮作用。而且,在使用前,他們還要測定系統在識別行為方面的準確程度。Cotella 表示,盡管系統確實不完美,但讓人來做這些事情,也不是完美的,與人相比,起碼軟件前后是一致的。

  Cotella 的團隊不得不比較系統與研究人員在識別動物行為上的準確度。同時,團隊還必須優化參數,例如確認每個視頻中有多少個像素點是靜止的,才算是小鼠“停止活動”。Cotella 指出,他們花了 6 個月來調試,才對系統的輸出結果放心。他們購買這個系統有一年了,并打算在下個月開始發表研究報告。智能迷宮確實加快了 Cotella 等人的實驗進度。

  德國 TSE Systems 公司的 IntelliCage 使用皮下射頻識別(radio-frequency identification,RFID)標簽追蹤動物運動。據 TSE 科學家 Daniela Oettler 解釋,相比于視頻識別,RFID 不受光線影響,甚至可在完全黑暗中運行。

  IntelliCage 適用于各種傳統的實驗室籠子。它的四個角落都有一些傳統迷宮會出現的測試——例如,一個角落可能有難聞的氣味,而其它角落則沒有。用戶可以對各個角落進行分別設置,讓其只對特定動物作出反應,以便讓不同的嚙齒動物進行不同的測試。

  IntelliCage 系統售價為 6 萬美元,可容納 16 只小鼠。瑞士蘇黎世大學(University of Zurich)的行為神經科學家 David Wolfer 指出,能容納多只小鼠是 IntelliCage 的一個優點,因為小鼠是社會動物。將小鼠們放在一起有助于降低壓力,而壓力是數據波動的來源。Wolfer 表示,因為 IntelliCage 采用的是 RFID 標簽技術,所以它能識別的行為比視頻追蹤系統要少。例如,它無法檢測到動物何時抬起它的后腿。但是 Oettler 指出,視頻分析在解讀結果方面更易引入觀察者偏差。

  觀察進食行為

  行為科學家還給膳食監測引入了自動化模式。例如,Kravitz 通過跟蹤小鼠食物攝入量和活動水平來調查肥胖癥。但是,因為小鼠吃得很少,所以測量中即使是微小的錯誤都可能導致結果不準。此時,自動化就有優勢了。

  諸如新澤西州的 Research Diets 和內華達州的 Sable Systems International 等公司的自動化硬件使用微型電子秤來測量每只動物的視頻攝取量。但系統使用的標簽價格較貴,因此不利于開展大規模試驗。所以 Kravitz 等人開發了一種開源替代品:喂食實驗裝置(Feeding Experimentation Device, FED)。

  為了適應標準籠子,FED 使用動物的 RFID 標簽來記錄其行為,每當小鼠被拿走食物顆粒時會被記錄該行為。每臺設備的成本大約為 350 美元,不到商用系統價格的十分之一。

  相應的指令可以在 OpenBehavior——一個由 Kravitz 共同創立的、致力于開源行為科學項目的網站——上找到。但是,Kravitz 提醒,如果系統出現技術問題,就得研究人員自行修理。你自己搭建系統,造價便宜,但究竟有多便宜,則完全取決于你花了多長時間在它身上。

  鼠類 iPad

  在加拿大倫敦西部大學(Western University),認知神經科學家 Tim Bussey 和 Lisa Saksida 開發了包含觸摸屏的房間,研究人員可以使用這些房間對嚙齒類動物進行 20 種左右的認知任務測試,包括記憶、學習、注意力,甚至賭博。

  Bussey 指出,這就像為大鼠和小鼠準備了一臺 iPad,其主要區別在于,人是用手指點擊屏幕,而鼠會將它們的鼻子放在屏幕上。成功完成一項任務,系統內置的食物分配點會流出一些草莓奶昔。

  觸摸屏自帶英國拉夫堡的 Campden Instruments 公司和印第安納州的 Lafayette Instrument 公司的預編程。Bussey 表示,另外,研究人員可以使用名為“動物行為環境測試系統”(Animal Behavior Environment Test System)的軟件來編寫自己的任務。

  由于這些任務是標準化的,所以在研究中使用這些設備的 Brandon 指出,他們可以對跨實驗室,甚至跨物種的數據進行比較。其目的是將來自許多實驗室的信息放置在一個數據庫中,以便學界能夠在特定任務期間分辨整個大腦結構中的神經元的活動。通過這種方式來收集的數據量大到難以想象。

  不僅如此,數據量還在不斷增加。Brandon 現在將觸摸屏室與開源“miniscopes”耦合,使用熒光成像記錄自由移動小鼠的神經活動。每個顯微鏡成本約 500 美元。他指出,這些研究室甚至可以與光遺傳學相結合,這樣就可以使用光來操縱神經活動。

  一些公司正在進一步開發自動化模式,采用全自動化的飼養室,進行全天候的監測。這樣的系統可以用于多種研究,例如研究藥物對動物的行為影響。例如,TSE 的 PhenoWorld 系統飼養了幾只 RFID 標記的大鼠和小鼠,以進行迷宮等試驗。該系統同時記錄動物的代謝和其它特征;Oettler 表示,監控這些大、小的系統成本可能達到 80 萬美元。

  同樣,MazeEngineers 的研究人員正在構建“迷津園(Labyrinth)”——一個多達 25 個模塊的網格,可以配置成 20 多個自動迷宮。嚙齒動物的籠子可以連接到迷津園的邊緣,并自動讓動物進出。

  如果這變成現實,迷宮可能會從科學工具變成“科學家”,自行開展試驗。